但隔膜泵畢竟是精密設備，盡管價格不高，在使用中仍然需要用心的維護，否則很容易出現以下情況。
舉例說明：當某公司維修部門剛收到泵時，將泵頭打開后可以看到膜片、閥片和泵腔內充滿了顆粒雜質，從而使這些泵當時幾乎完全沒有抽力；而在做了簡單清潔，或者更換一些必要部件后（這是極少數的情況），又重新恢復了活力。
這些故障是如何發生的呢？不恰當的操作
1）安裝抽濾漏斗時，漏斗的出液口靠近真空接口，導致部分濾液被吸入泵內，當濾液吹干后，析出的溶質顆粒殘留在泵內。
2）濾紙選擇錯誤或者鋪放濾紙時不小心捅破，導致部分濾紙纖維或濾液被吸入泵內。
3）真空軟管放在實驗臺上時，未關閉隔膜泵，臺面上的灰塵和雜質被無意中吸入。
以上這些問題，可以通過增加隔膜泵保護濾器來避免。
保護濾器可以阻隔絕大部分顆粒，當發現保護濾器變色或者真空抽力不足時，此時更換保護濾器即可。
